Existe un espacio no del todo definido entre el reino vegetal y el animal: los protistas, organismos unicelulares dotados de núcleo, pueden desplazarse libremente, lo que los asemeja a especies animales; pero poseen clorofila, que les permite nutrirse a través de sustancias inorgánicas, utilizando como fuente de energía la luz del sol, con lo que también se asemejan a los vegetales.
Entre los protistas, los flagelados se reproducen por división celular. En ellos, la célula posee orgánulos o estructuras diferenciadas con funciones específicas y pueden presentar cilios o flagelos, apéndices que les permiten desplazarse. Hasta hace poco se los llamaba protozoos por tener características en común con los animales; hoy forman un reino aparte, dividido en rizópodos, flagelados, ciliados y esporozoos.
Entre estos organismos, los más conocidos son la ameba y el paramecio. En este reino se encuentran también seres más cercanos a los vegetales, los tipos de algas llamadas pirófitos y euglenófitos. La euglena verde, por ejemplo, es uno de esos organismos. Vive en aguas dulces y está provista de uno o más flagelos que le permiten moverse. Los pirófitos son algas amarillas o pardas, con dos flagelos. También pertenecen al reino de los protistas otras algas unicelulares como las diatomeas, dotadas de una cubierta mineral de sílice.
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